Представьте себе, что у вас на столе несколько кусков стекла (или прозрачных полиэтиленовых пленок, или бумажных калек), наложенных друг на друга. На каждом стекле вы что-то нарисовали специальным фломастером и теперь смотрите на все это сверху. Считайте, что стекла - это и есть слои. Результирующее изображение при этом получается как сумма изображений на слоях.
В графических редакторах слой (layer) - дополнительный холст для рисования. Каждый слой изображения повторяет параметры основного изображения (размеры, разрешение, цветовую модель, число каналов). Соответственно, пропорционально количеству используемых слоев возрастает размер файла изображения.