Трансформация понятия трансцендентального субъекта постоянно сопровождается в текстах Когена критикой психологизма и натурализма. Такая критика составляет постоянный аккомпанемент рассуждений Когена, будь то в теоретической философии, этике или философии религии. Главный изъян психологизма и натурализма видится ему в представлении, будто субъект – это данность, законченность, завершенность.
В таком случае оказывается, что и Кант не свободен от ошибки подобного рода. В самом деле, для него трансцендентальный субъект в обоих своих обличьях - и как носитель априорных форм созерцания и трансцендентальных категориальных схем, и как носитель нравственного закона – есть готовое и безусловно предшествующее деятельности познания и самоопределению воли начало. А если трансцендентальный субъект уже дан и определен, то вполне правомерно задаться вопросом о том, каким образом он дан и где существует. Ответ на подобный вопрос неизбежно будет один: в разуме отдельно существующего эмпирического индивида. Такой ответ всегда оставляет открытой возможность того, что трансцендентальные структуры будут подменены психологическими структурами и особенностями субъекта. Что, для Когена, недопустимо, поскольку ведет к субъективизму и релятивизму.
Критикуя психологизм и натурализм, Коген также подверг критике и попытки "сведения" психики к состояниям организма. Он критиковал так называемую "психофизику" его времени, т.е. исследования Фехнера, Вебера и др., кто стремился к точным количественным эмпирическим исследованиям соотношения физического (силы раздражения) и психического (интенсивности ощущения)[265]. Психофизика, разъясняет Коген, ставит перед собой конкретную научную задачу; однако не она составляет главный интерес психофизики. На самом деле, речь идет о психофизической проблеме, о соотношении души и тела. А Коген видит тут методологическую и концептуальную путаницу. Он показывает, что и "раздражение", и "ощущение", сила которого измеряется с помощью силы раздражения, представляют собой не естественные данности, а теоретические конструкции. Психофизики просто рассматривают ощущения и раздражения как реальности. Но реальность, - не устает подчеркивать Коген, - это категория мышления. Реальность не дана нам в ощущении и наблюдении. Она конструируется благодаря организации данных чувств с помощью категорий мышления. Поэтому материальная реальность есть продукт работы мышления. И ощущения, анализируемые в опытах психофизиков, и раздражения являются элементами объективной реальности. Это означает, что как первые, так и вторые конструируются на основании единства сознания. А вовсе не потому, что, якобы, "на самом деле", "объективно" существует только материальная субстанция.
С позиции когеновского трансцендентализма "элиминативный материализм", как сейчас принято благозвучно обозначать подобную позицию, является в высшей степени наивной и ограниченной точкой зрения, потому что сама материя, к которой пытаются свести сознание, является конструкцией трансцендентального субъекта. Натурализм, пытающийся избавиться от всех проблем, которые ставит сознание, с помощью такого рода редукции, некритически отождествляет принятое в науке определенного периода представление о физиологии нервной деятельности с реальностью самой по себе. Об этом и говорит Коген. Он разъясняет, что, когда основоположения и категории мышления направляются на само психическое, то оно тем самым уже уподобляется материальному, потому что предмет познания не есть готовая природная данность, но конституируется методом его рассмотрения.