Одна из наиболее зрелых систем древнеиндийского материализма — система ваишешика. Название школы происходит от слова «вишеша», означающего «особенность», и указывает, что для вайшешики при объяснении действительности первостепенное значение имеет категория специфического различия субстанций, атомов, душ и т. д. Ваишешика возникла приблизительно в VI—V вв. до н. э. Основателем ее считается Канада. Философия ваишешика возникла первоначально как материалистическое учение о бытии и теория атомизма. Впоследствии в круг вопросов вайшешики были включены вопросы логики.
Как и ньяя, ваишешика видит цель мудрости в освобождении человеческого «Я» от страдания и зависимости. Последняя причина страдания — незнание. Путь к освобождению лежит через знание, т. е. через истинное постижение реальности. Такое дознание предполагает исследование категорий реальности, т. е. высших родов бытия. Категория — это не понятие ума, а прежде всего предмет, обозначенный термином. Поэтому классификация категорий совпадает с классификацией предметов, или объектов.
Материальный носитель всех качеств вещей, особенностей, действий, а также причина всего сложного — субстанция. Из различных видов субстанций следующие пять — земля, вода, свет, воздух и эфир — составляют физические элементы, которые сами состоят из вечных, неделимых атомов. Они не воспринимаемы чувствами, и об их существовании мы узнаем только посредством вывода. Характерная особенность учения ваишешика об атомах— признание качественного различия между ними. Качества в отличие от свойств рассматриваются как нечто изначальное Движение не качество, а свойство, так как оно передается от одного предмета к другому. В бестелесных субстанциях движения и действия быть не может, такие субстанции — эфир, пространство, время и душа.
Важными для познания категориями система ваишешика считает всеобщее и особенное. Имея общую природу, вещи некоторого класса получают и общее имя-Общее реально, находится в самих предметах данного Класса, но не тождественно с их индивидуальными свойствами, оно сущность отдельных предметов. Но если бы существовало только всеобщее, невозможно было бы отличить одну субстанцию от другой, так как каждая субстанция имеет нечто, принадлежащее ей одной. Это и есть особенность. Так как субстанции вечны, то вечны и их особенности.
Впоследствии некоторые учители этой школы стали утверждать, что все действия атомов восходят к воле высшего существа, которое и направляет все к моральному очищению, что возникающий мир наделен мировой душой и что все страдающие в нем существа по истечении некоторого повторяющегося цикла освобождаются от страданий. Условие этого освобождения — разрушение мира и существующих в нем соединений атомов.
Со временем религиозная окраска философии ваишешика усилилась. Позднейшие учители школы ваишешика стали рассматривать атомы только как материальную причину мира, а действенной причиной мира провозгласили бога.