С ликвидацией наместников по земской реформе 1555-1556 гг. платимый населением в их пользу налог («кормовой оброк») поступал в ведение так называемых «кормленых» дьяков Казенной, Посольской и Поместной «изб». В 60-70-е гг. этим стали заниматься особые«избы» — так называемые«четверти», или«чети». Несмотря на то, что во главе четей по-прежнему стояли деятели других приказов, постепенно чети становятся самостоятельными финансовыми приказами, которым подчинялись определенные территории в финансовом и в административно-судебном отношении.
Помимо четей, территориальный характер носили приказы, созданные для управления вновь присоединенными к России областями. После взятия Казани и Астрахани был организован Приказ Казанского дворца. Такого же рода учреждение было задумано в ходе Ливонской войны для присоединенных земель Прибалтики. Оно получило название Городового приказа, так как занималось в основном укреплением ливонских городов. Приказ был ликвидирован после потери временно завоеванных территорий.
Особую группу составлялисудебно-полицейские приказы. Разбойный приказ ведал вновь созданным и губными органами на территории государства («губа» —уголовно-полицейский округ), утверждал в должности выборных губных старост и их помощников, санкционировал приговоры губных органов при рассмотрении дел, связанных с разбоем и татьбой, был второй судебной инстанцией при рассмотрении подобных дел на территории всего государства, кроме Москвы и Московского уезда. Последние в этом отношении находились в ведении Земского приказа, осуществлявшего полицейские функции в Москве.
В конце XVI в. была создана игруппа судебных приказов. Судом служилых людей определенной территории, не подсудных местным властям по указу 1549 г., ведали Московский, Владимирский, Дмитровский, Казанский судные приказы. Приказ холопьего суда ведал делами о поступлении в холопство, сыском беглых холопов и др.
Челобитный приказ занимался приемом и разбором челобитных на имя царя от дворян и детей боярских. Поскольку приказ принимал апелляционные жалобы на решения должностных лиц и государственных учреждений, то он являлся своеобразным контрольным органом государства, и руководство им давало человеку огромную власть. Неслучайно с самого своего появления Челобитная изба возглавлялась Алексеем Адашевым.
Всем комплексом вопросов, связанных с организацией ямской службы, заведовалЯмской приказ.
После учреждения на Руси патриаршества в 1589 г. претерпело изменения и церковное устройство. Высшим органом по делам церкви оставался Освященный собор, выбиравший пожизненно патриарха всея Руси — главу всей церковной организации, В конце XVI в. при патриархе возник особый «двор» со своими должностными лицами: казначей, бояре, стольники, дети боярские, дьяки. Через этот аппарат патриарх осуществлял общее руководство церковными делами и имуществом церкви. За соблюдением церковных догматов надзирала Тиунская изба, созданная при патриаршем «дворе» в конце XVI в.