Следующим этапом в реформе центральных органов власти стало созданиеПравительствующего сената. Его учреждение произошло весной 1711 г. перед отъездом царя в Прутский поход. Созданию Сената предшествовала ликвидация Консилии министров. Вместо нее указом от 2 марта Петр I учредил постоянно действующий высший правительственный коллегиальный орган — Сенат «для всегдашних наших в сих войнах отлучек», а потому слушаться Сенат предписывалось как его самого. Царь лично написал текст присяги для сенаторов. В ней, в частности, содержались слова:
«Обещаюся... перед господом Богом, сотворившим всяческая, что мне честно и чисто, неленостно, но паче ревностно исполнить звание свое».
По возвращении Петра I из военного похода, Сенат не был упразднен, напротив, он стал постоянно действующим органом. На первых порах он состоял из лиц, назначаемых царем «для присутствования в нем», затем (с 1718 по 1722 гг.) он стал собранием президентов коллегий, с 1722 г. состав его был смешанным, включал как президентов коллегий, так и специально назначенных членов — сенаторов, коллегиям чуждых. Этот высший орган государственного управления ведал вопросами правосудия, расходами казны и налогами, торговлей, контролем за административными лицами всех уровней.
Сначала функции Сената были законосовещательными и исполнительными. Он должен был заботиться о соблюдении правосудия («суть иметь нелицемерный»), о государственных доходах («денег как можно больше сбирать, понеже деньги суть артерия войны») и расходах, о явке дворян на военную службу и т.п.
Организовывать и контролировать деятельность Сената было поручено генерал-прокурору (т.е. главному прокурору), в обязанности которого входило: «сидеть в Сенате и смотреть накрепко, дабы Сенат свою должность хранил и во всех делах, которые к сенатскому рассмотрению и решению подлежат, истинно, ревностно и порядочно, без потеряния времени, по регламентам и указам отправлял». Генерал-прокурор также созывал сенаторов, следил за исправностью посещения ими заседаний, сам присутствовал на них. В его подчинении находились обер-фискал и канцелярия Сената.
Сенат был органом надзора за правительственным аппаратом и должностными лицами. Этот надзор осуществляли «блюстители чиновничьей нравственности» — фискалы. В их обязанности входило тайно подслушивать, «проведывать» и доносить обо всех преступлениях, наносивших вред государству: нарушении законов, казнокрадстве, взяточничестве и т.д. За несправедливые доносы фискал не наказывался, а за правильные - получал вознаграждение равное половине судебного штрафа с уличенного им должностного лица. Руководил их деятельностью входящий в состав Сената обер-фискал.
В отличие от Боярской думы Правительствующий сенат уже в первые годы своей деятельности стал бюрократическим учреждением со штатом назначаемых чиновников, делопроизводителей и подведомственными учреждениями.
Реформируя систему государственного управления, Петр I, не имея четкого плана, все же представлял желаемый образ государственного аппарата. Он виделся ему строго централизованным, бюрократизированным, четко и быстро исполняющим указы государя и в пределах своей компетенции проявляющим разумную инициативу. Прежде всего, он сосредоточил усилия на реформировании центральных звеньев управления. Иначе обстояло дело с управлением на местах.