Первые изменения произошли уже в непродолжительное царствование жены Петра 1 - императрицы Екатерины 1. По совету влиятельных государственных сановников (А.Д.Меншикова, П.А.Толстого, Ф.М.Апраксина) ею был учрежден специальный орган, который должен был возвышаться над всеми государственными учреждениями империи. Им сталВерховный тайный совет, получивший статус главного правительственного органа при императрице. Председательствовала в нем государыня, состав его определялся ею же и насчитывал семь человек: Д.А.Меншиков, П.А.Толстой, Ф.М.Апраксин, Г.И.Головкин, А.И.Остерман, Д.М.Голицын и зять Петра I - Карл Голштинский.
В компетенции Верховного тайного совета находились все важнейшие вопросы внутренней и внешней политики. Он ведал назначением высших чиновников, финансовыми вопросами государства, перед ним отчитывалась ревизионная коллегия. Совету, кроме того, подчинялись три важнейшие коллегии: Военная, Адмиралтейская и Иностранная. К нему же перешли и контрольно-розыскные, и надзорные функции. С этой целью ему были переподчинены Главная полицмейстерская канцелярия и Преображенский приказ.
Появление нового высшего органа государственного управления не могло не сказаться на статусе высших органов государственного управления, учрежденных в Петровскую эпоху. Так, Сенат решением императрицы потерял титул Правительствующего и был подчинен тому же Верховному тайному совету. Из ведения Сената были изъяты все дела, интересовавшие «верховников». Отныне Верховный тайный совет посылал в Сенат указы и требовал от него отчетов (доношений). В Тайный совет можно было подавать жалобы на Сенат и коллегии. Сенаторы назначались из кандидатов, рекомендованных Советом.
Сама Екатерина I не имела большой склонности к государственным делам. Верховный тайный совет, фактическим главой которого был светлейший князь Меншиков, на деле подменял императрицу. Доказательством тому служил указ от 4 августа 1726 г., в соответствии с которым все законы подписывались либо императрицей, либо Верховным тайным советом.