Другая реформа первых лет царствования Екатерины II была связана сСинодом — высшим государственным органом по делам Русской православной церкви. В его состав входили назначаемые императором митрополиты, архиепископы и епископы. Надзор за деятельностью этого высшего государственного органа осуществлял обер-прокурор - светское лицо из военных или гражданских чинов. В ведении Синода находились все дела Православной церкви: чисто церковного характера (например, истолкование церковных догм), церковно-административные и хозяйственные дела, борьба с еретиками и раскольниками, церковная цензура, духовный суд и др. На заседаниях рассматривались документы, поступавшие из Сената, Военной, Адмиралтейской, Иностранной коллегий, Коллегии экономии, Московского университета, губерний и других государственных учреждений. Правительственное значение Синода в делах и учреждениях церкви было равно значению Правительствующего сената в делах государственного управления. Он имел право учинять конференции с Сенатом и сноситься с ним ведениями, а коллегиям и провинциальным учреждениям посылать указы.
Екатерина II, открыто заявлявшая свои взгляды на членов Синода, как на государственных служащих, обязанных преследовать в своей деятельности цели, указанные правительством, придавала большое значение власти синодального обер-прокурора и не могла не оказывать значительного содействия развитию фактического влияния прокуратуры на высшее церковное управление.
Этому способствовало и проведение секуляризационной реформы 1764 г., по которой все монастырские земли с жившими на них крестьянами передавались в ведение специально учреждаемой Коллегии экономии. С этого времени государство само определяло необходимое стране число монастырей и монахов в них, ибо содержало их на средства из государственной казны. Духовенство окончательно превращалось в одну из групп чиновничества.