Особое место среди центральных государственных учреждений занимали органы политического сыска. Пришедшая к власти Екатерина II и ее ближайшие сподвижники понимали всю важность политического сыска и тайной полиции. В октябре 1762 г. в составе Сената была создана Тайная экспедиция, которая заняла одно из ключевых мест в системе власти. В сущности, она получила все права центрального государственного учреждения, а ее переписка стала секретной.
Общее руководство деятельностью Тайной экспедиции было поручено генерал-прокурору А.И.Глебову и сенатору Н.И.Панину. В 1764 г. А.И.Глебова сменил А.А.Вяземский, но фактическим главой Тайной экспедиции был ее начальник С.Шешковский, бывший чиновник Тайной розыскных дел канцелярии. В целом концепция госбезопасности того времени была основана на поддержании «покоя и тишины» — основы благополучия государства и его подданных. Императрица сама возбуждала сыскные дела, писала, исправляла или утверждала «вопросные пункты», ведала ходом расследования наиболее важных дел, таких, как процесс над ростовским архиепископом А.Мацеевичем, офицером Мировичем, пытавшимся летом 1764 г. освободить из заключения в Шлиссельбургской крепости свергнутого императора Ивана Антоновича, самозванкой княжной Таракановой, Емельяном Пугачевым и др.
Первая половина 70-х гг. XVIII в. была самой тревожной за все время царствования Екатерины II: сначала страну потрясло известие о чумном бунте в Москве в 1771 г., а затем — масштабное восстание под предводительством Е.И.Пугачева в 1773—1774 гг. Это крестьянское волнение, наведшее ужас на дворянскую Россию, имело важные последствия для определения дальнейшей внутренней политики Екатерины II и прежде всего в системе управления государством.
3. Реформирование системы местного управления