При Павле I Сенат окончательно утратил свое значение. Император по всем вопросам сносился только с генерал-прокурором, который превратился как бы в премьер-министра, обладавшего функциями министров внутренних дел, юстиции и частично министра финансов. Дальнейшее изменение положения Сената в целом связано с реорганизацией центрального и местного управления. При Павле I были восстановлены Берг-, Мануфактур- и Коммерц-коллегии, Соляная контора, но уже на принципах единоначалия. Создавались новые центральные учреждения по отраслям хозяйства (например, Экспедиция государственного хозяйства, опекунства иностранных и сельского домоводства). В дальнейшем Павел предполагал преобразовать коллегии в министерства, заменив принцип коллегиального управления единоличным.
Еще решительнее разломал Павел всю систему местного управления, учрежденную в 1775 г.: были ликвидированы должности наместников, закрыты приказы общественного призрения, управы благочиния; городское сословное управление было слито с органами полиции, городские думы ликвидированы, и, наконец, изменилось само административно-территориальное деление страны и принципы управления окраинами империи (Прибалтийским губерниям, Украине и некоторым другим территориям вернули традиционные органы управления).
Судебная система, созданная Екатериной II, также подверглась реформе. В конце 1796 г. были упразднены надворные, а также все губернские сословные суды, губернские магистраты, верхние расправы, а из уездных — нижние расправы. Из сословного дворянского уездный суд превратился в общесословный суд для населения уезда, кроме горожан.