В структурном отношении Госсовет состоял в начале его деятельности из четырех департаментов: департамента законов, дел военных, гражданских и духовных дел и государственной экономии. Пятым департаментом Госсовета стал в 1831 г. департамент Царства Польского. В структуре Госсовета имелась также Канцелярия, которая занималась текущим делопроизводством во главе с госсекретарем. Первым на эту должность был назначен М.М.Сперанский.
Хотя принятые Советом решения не имели силу закона без утверждения императора, Госсовет предварительно рассматривал все дела, требовавшие закона или частичного изменения законов по различным управленческим структурам; ежегодные государственные сметы доходов и расходов, финансовые сметы, отчеты и штаты министерств, а также предусматривал меры по эффективному исполнению законов и обсуждал другие вопросы, связанные с проведением внешней и внутренней политики Российского государства. В системе государственного управления Госсовет сыграл свою позитивную роль как совещательно-мозговой центр при императоре в рационализации законодательного механизма, в соединении законотворческих усилий.
Вместе с тем современные исследователи справедливо подчеркивают, что деятельность Госсовета Российской империи нельзя отождествлять с деятельностью западных парламентов, которые практически всегда имели законодательный статус, инициативу, выбирались и представляли различные слои общества. В России же император не только учреждал Госсовет, но и определял его состав, утверждал или отвергал мнение большинства или меньшинства Совета; принимал законы и без рассмотрения Госсоветом, т.е. осуществлял поистине самодержавно неограниченную власть. Об этом свидетельствует даже такая деталь. Если первоначально Александр I законы утверждал хотя бы с формальной припиской «вняв мнению Госсовета», то впоследствии и от этого отказался, а Николай I при переиздании свода законов Российской империи вообще вычеркнул эту приписку на документах.