Наиболее заметным новшеством в сфере высших органов власти былосоздание в 1861 г. Совета министров в качестве нового совещательного органа под председательством самого императора. В него вошли председатели Комитета министров и Государственного совета, министры и руководители главных управлений. Этот ближайший к императору государственный орган в основном рассматривал вносимые монархом вопросы. Ему же принадлежала инициатива созыва Совета министров. Впрочем, право постановки вопросов на обсуждение имели все члены Совета. Совет министров действовал до 1882 г. Он был нужен царю для усиления оперативности управления в обстановке реформ.
Государственный совет оставался высшим законосовещательным органом, поэтому во время великих реформ вел сложную работу по обсуждению и доработке проектов законов для последующего утверждения императором. В эти годы Госсовет продемонстрировал некоторую самостоятельность, позволяя себе обоснованные возражения императору. Например, большинство его членов было против законопроекта о земских начальниках, но Александр III его все же утвердил. Публичное рассмотрение законопроектов с неизбежной оглаской их содержания и разногласий членов Совета стало одной из основных причин относительного снижения его роли по сравнению с более закрытыми институтами государства. После наивысшего подъема активности Госсовета в 60—70-е гг. XIX в. наступил период спада в его деятельности, и он стал местом «почетной ссылки» высших сановников.
В годы реформ Государственный совет был не единственным звеном законодательной системы. Каждый законопроект, направляемый в Госсовет, проходил рассмотрение во втором отделении Собственной его императорского величества канцелярии, редактировался, рецензировался, а в некоторых случаях и создавался в этом отделении. Там же велась работа по переизданию законов России. После ликвидации второго и третьего отделений в 1882 г. были расширены функции первого отделения, особенно по заведованию личным составом чиновников и созданию соответствующих подразделений (Комитет о службе чинов гражданского ведомства и инспекторский отдел).