Формально после Госсовета стоял Правительствующий Сенат. В ходе реформ он тоже активизировал свою деятельность по судебному разбирательству особо важных дел. В 1872 г. при нем было создано «Особое присутствие для суждения дел о государственных преступлениях и противозаконных сообществах», ставшее высшим судом по политическим делам. В Особом присутствии процесс был также состязательным, с участием сословных представителей — губернских и уездных предводителей дворянства, городских голов и т.д.
С 1866 г. в Сенате были образованы кассационные департаменты для рассмотрения жалоб и протестов на решения местных судов по уголовным и гражданским делам с правом отмены решений в случаях нарушения судопроизводства и передачи дел на пересмотр в другой суд. Однако некоторый либерализм Сената был нейтрализован введением с 1878 г. в связи с известным делом о покушении В. Засулич на петербургского градоначальника Трепова и ее оправданием военно-окружным судом, где такие дела рассматривали закрыто и весьма сурово.
Полиция. Деятельность народников вызвала создание в 1878 г. «Особого совещания для изыскания мер и лучшей охраны спокойствия и безопасности в империи», которое координировало работу силовых министерств (внутренних дел, юстиции, военного, жандармского отделения и учебных заведений). Оно также взяло на себя своеобразное шефство над полицией, хотя работа в данном направлении началась сразу после 1861 г. Так, отмена крепостного права вызвала необходимость усиления полицейской службы, прежде всего численного увеличения полиции. Уже в 1862 г. с полицейским управлением была объединена городская полиция. Уездный исправник вместо прежнего избрания его на дворянском собрании назначался Министерством внутренних дел. В 1878 г. в связи с ростом революционной активности народников ввели должность участкового урядника, а в уездах в помощь полиции создали отряды сельской стражи. Урядники, а их приходилось на уезд по нескольку десятков, значительно усилили полицейский контроль в стране. Вместе с земскими начальниками они добились заметного снижения злоупотреблений в крестьянском самоуправлении и активизировали его деятельность.
Улучшился качественный состав полиции. Прежний способ ее комплектования из негодных для строевой службы солдат и унтер-офицеров был дополнен приемом на работу по контракту. Обязанности полиции сужались до непосредственно полицейских функций (ранее полиция занималась следствием и была обязана следить за благоустройством местности). Полицейским повышалась зарплата, пенсии, расширялись льготы и т.д.
С 1867 г. жандармские округа разукрупнялись так, чтобы жандармские управления были в каждой губернии. В связи с необходимостью охраны транспорта создавались железнодорожные жандармские управления. В городах с повышенной криминогенной обстановкой формировались дополнительные жандармские части и подразделения.
И наконец, после организованного членом исполкома «Народной воли» С. Халтуриным взрыва в цитадели самодержавия - Зимнем дворце в феврале 1880 г. была создана «Верховная распорядительная комиссия по охране государственного порядка и спокойствия» со специальной задачей контроля за политическим следствием. Ей временно передали в подчинение III Отделение и Отдельный корпус жандармов. Однако через несколько месяцев она прекратила свою деятельность. Вся полиция перешла в состав МВД.