Выход манифеста тем не менее означал, что удержать без изменения политический курс 80—90-х гг. крайне трудно. Даже К.П. Победоносцев понимал, что грядут перемены. «Никакая страна в мире не в состоянии была избежать коренного переворота» и «вероятно и нас ожидает подобная же участь». Внутренняя политика этих лет, безусловно, задержала модернизацию системы управления. Россия являлась абсолютной монархией, не имевшей единого, коллективного правительства и одной из причин этого было превращение управления государством в «семейное дело» Романовых. Видное место занимала, по выражению некоторых историков, «великокняжеская номенклатура». Великие князья занимали ведущие посты в военном ведомстве и других сферах. Александр Александрович возглавлял морское ведомство, Сергей Александрович занимал пост московского генерал-губернатора, Владимир Александрович командовал гвардией и был президентом Академии художеств. Сложившееся положение препятствовало созданию единого, коллегиального правительства, поскольку создать его в этих условиях было достаточно сложно.
Большую роль играло Министерство двора, в его составе был кабинет финансового и хозяйственного дела, в ведении которого находились так называемые «кабинетские земли», т.е. земли на Алтае, в Забайкалье и Польше, принадлежавшие царской семье. Министр двора входил в ближайшее окружение императора. Во многих случаях придворное окружение играло главную роль, отодвигало правительство на второй план. Царь и его окружение рассматривали Россию как свою вотчину и не были заинтересованы ни в упразднении сословности, ни в разделении властей, а создание правительства во главе с премьером стало бы шагом к такому разделению. Позже Николай II вынужден был пойти на создание единого правительства во главе с премьер-министром для координации деятельности министерств и на привлечение представителей населения для участия в законодательной деятельности.
При отсутствии главы правительства каждый министр вел свою линию, подчас противоречившую линии другого министерства. Совет министров с 1882 г. не собирался, роль высшего административного органа выполнял Комитет министров, рассматривавший разные дела, в том числе и проекты законодательных актов, отчеты губернаторов. Комитет министров, последним председателем которого перед ликвидацией был С.Ю. Витте, реально был лишь высшим цензурным органом. Между тем радикальная модернизация управления настойчиво диктовалась и возросшей ролью государства в экономической жизни, и промышленным подъемом, и изменениями в обществе, например, появлением на политической арене пришедших на смену разгромленной «Народной воли» политических партий.
Место в правительстве того или иного министра в первую очередь определялось расположением царя и близостью ко двору. Долгое время главную роль играли министры внутренних дел. При Александре III произошла смена — она перешла к министру финансов. В этих условиях в высшей бюрократии борьба шла за влияние на императора, за благосклонность двора, которая приводила к неустойчивости состава правительства.
Был создан огромный бюрократический аппарат. На протяжении XIX в. чиновничий корпус увеличился в семь раз и к началу XX в. насчитывал 385 тыс. чиновников. Среди высшей бюрократии и верхов губернской администрации преобладали помещики-землевладельцы.
Опубликование Манифеста «О предначертаниях и усовершенствовании государственного порядка» было явлением значительным. Оно означало, что 90-е гг. «заключили в себя не один календарный смысл», завершился целый исторический период, десятилетие, вместившее в себя немало противоречий, и завершался он нараставшим кризисом самодержавной власти. Больше нельзя было игнорировать происшедшие перемены и возросшую социальную напряженность в обществе. Модернизация системы управления стала и необходима, и неизбежна.