Основной формой работы Совета было Общее собрание. Кроме того функционировали два департамента (первый рассматривал дела по административным, гражданским и судебным делам, второй - отчеты финансово-кредитных учреждений и дела о строительстве железных дорог, а также дела об отводе и продаже участков казенной земли) и постоянных комиссиях, число которых было строго ограничено. Постоянными комиссиями реформированного Совета стали комиссия личного состава и внутреннего распорядка, финансовая и комиссия законодательных предположений. Именно эти три комиссии существовали весь период деятельности Государственного совета после реформы (1906-1917 гг.). Две другие постоянные комиссии: по военным, сухопутным и морским делам и экономическая комиссия были образованы и действовали в годы Первой мировой войны.
Организация работы в Государственном совете была несоизмеримо выше, чем в Думе. В значительной степени это объяснялось тем, что сохранен ранее действовавший принцип формирования комиссий, по которому в их состав привлекались наиболее компетентные в данном вопросе лица. Хорошо подготовленные члены комиссий тщательно изучали каждый очередной проект. Формулировки принимаемых решений были тщательно выверены. В этом вопросе верхняя палата впадала в другую крайность по сравнению с Думой: слишком точная отшлифовка каждой статьи проекта нередко задерживала его рассмотрение на продолжительное время.
Первые выборы в Государственный совет состоялись в марте-апреле 1906 г. одновременно с выборами в Государственную думу. В основу выборов была положена сословно-корпоративная и высокоцензовая система. Для кандидатов в верхнюю палату были предусмотрены достаточно серьезные избирательные цензы: в его состав не могли быть избраны лица, не достигшие сорокалетнего возраста, не окончившие курс хотя бы средних учебных заведений, иностранные подданные.