Во главе архивов находился Государев (царский) архив — главный государственный архив России. Реконструкция С.О. Шмидта, произведенная на основе опубликованной в 1836 г. в I томе "Актов Археографической комиссии" его описи, позволяет нам представить его. В основе архива были документы Московского великокняжеского архива XIV—XV в.в. Во главе его находился непосредственно Государь, Царь и Великий князь Иван IV
Грозный. В нем служили думные дьяки. Архив пополнялся за счет
личной канцелярии царя, делопроизводства Боярской Думы и приказов, прежде всего Посольского приказа. Московские и удельные,
ставшие историческими, документы сочетались с выделенными в архив документами текущего делопроизводства, поэтому Государев архив был одновременно и историческим, и ведомственным. Он функционировал как самостоятельное учреждение при Государе вне Казенного двора и приказов. Все документы Государева архива были перенумерованы и описаны либо подокументно, либо по обобщающим признакам. Количество и состояние их в описи указывались выборочно. Дела располагались по тематике и виду, как, например, грамоты, книги. В зависимости от их значимости они помещались в специальные мешочки, а затем уже в ящики, лари, коробки. Всего значилось 233 ящика, ларя, коробок с документами, различавшихся по размерам, материалу, цвету. Нумерация была сквозной.
Архив использовался в практических целях. Документы выдавались в приказы во временное пользование для текущего делопроизводства. Широко они использовались во взаимоотношениях с Ливонией и другими государствами, в летописании, внутриполитических делах, таких, как дело Владимира Ста-рицкого. Государев, царский, архив являлся первым архивом, комплектование, хранение, описание, использование дел которого имели общегосударственное значение.
В конце XVI в., после Ивана Грозного, большинство дел Государева архива было передано в Посольский приказ. В дальнейшем произошло дальнейшее его распыление. Сохранившиеся более половины его дел сначала в составе архива Посольского приказа вошли в состав Московского архива Министерства иностранных дел, много позже в составе МАМИД в Российский государственный архив древних актов, где находятся и сегодня.
На местах архивы вели земские дьяки. В уездных губных избах откладывались судебные дела.
В земских избах сохранялись дела, связанные с местным управлением. Документы находились в ларях. На них заводились описи. Наиболее ценными были разметные книги, отражавшие хозяйственное развитие мест, и уставные грамоты наместников и волостелей.
В XVI—XVII в. особо выделяются архивы церквей и монастырей. В них хранились преимущественно хозяйственные документы, определявшие, прежде всего, земельные владения церкви. Другой разновидностью были документы религиозного содержания. Светские феодалы использовали церковно-монастырские хранилища дня хранения своих особо ценных, служилых и хозяйственных документов. Документы описывались, систематизировались по рукописям, разновидностям, содержанию, времени происхождения. На них составлялись копийные книги. Древнейшими описью архива и копийными книгами являются опись и копийные книги Кирилле-Белозерского монастыря XV века. Большой массив документов XVI—XVII в.в. дошел в составе архива Троице-Сергиевой лавры.
Развитие архивов способствовало развитию архивной техники. Хранение осуществлялось в рамках делопроизводства дьяками и подьячими:
ü в специально защищенных помещениях;
ü под контролем органов власти в центре и на местах;
ü по принципу происхождения в соответствии со структурой фондообразователей;
ü в пронумерованном виде — в ящиках, сундуках, коробках, на которых находились ярлыки с указанием находившихся в них документов.
Уложение 1649 г. делит документы на допожарные и послепожарные (имеется в виду пожар 1626 г.).