Здесь Судебник основывается на ст. 109 Псковской Судной грамоты, определявшей юрисдикцию церковного суда. Являясь одним из крупнейших феодалов, церковь обладала судебной властью, которую осуществляла через суды епископов, где судьей был епископ или назначенные им наместники, и монастырские суды, в которых судьей был игумен или назначенные им прикашики. Так же, как и кормленщики, епископы и игумены получали вознаграждение с подсудного им населения. Ведению церковных судов подлежали духовенство, а также патронируемые церковью люди (которые питаются от церкви божиа). Отражая политику централизации судебной власти и ограничения пределов компетенции круга людей, подсудных церковному суду. Судебник изымает из церковного суда дела, совершенные лицами разной подсудности. Например, когда одна сторона подсудна светскому, а другая — церковному суду (а будет простой человек с церковным), тогда назначается суд вопчей. Вопчей или сместной суд состоял из представителей обоих судов, которым подсудны спорящие. Например, в разборе споров между крестьянами духовных и светских феодалов участвовали представители от духовного и светского суда. Не подлежали святительскому, т. е. церковному суду, и вдовы, живущие своим хозяйством. Помимо ограничения компетенции церковных судов по субъектам церковные суды ограничивались еще и по категориям дел. К ведению церковных судов относились преимущественно дела по личным искам — разбор брачных и семейных дел, отношения между родителями и детьми,дела о наследстве. Наиболее важные уголовные дела — душегубство и разбой с поличным, хотя бы и совершенные лицами, подсудными церковному суду, подлежали рассмотрению исключительно государственными органами. Так, в жалованной грамоте Звенигородского князя Юрия Дмитриевича Савво-Сторожевскому монастырю от 1404 года говорится: А ведает игумен Сава сам свои люди во всех делех и судит сам во всем, или кому игумен прикажет, оприче душегубства... . Даже менее опасные уголовные дела, совершаемые духовными лицами (например, кража), подлежали рассмотрению в государственных судебных органах.