В сочинениях Ф. Кенэ решительно осуждаются взгляды меркантилистов на экономические проблемы, что, по сути, явилось отражением нараставшей в стране на протяжении ряда десятилетий неудовлетворенности состоянием сельского хозяйства, к которому привел его так называемый кольбертизм времен короля Людовика XIV (это отмечал и А. Смит, характеризуя физиократию как реакцию на меркантилистскую политику Ж. Б. Кольбера). В них отражена его убежденность в необходимости перехода к фермерскому хозяйству как основе свободного (рыночного) механизма хозяйствования на принципах полной свободы ценообразования в стране и вывоза за границу сельскохозяйственной продукции.
Методологической платформой экономического исследования Ф. Кенэ стала разработанная им концепция о естественном порядке, юридической основой которой, на его взгляд, являются физические и моральные законы государства, охраняющие частную собственность, частные интересы и обеспечивающие воспроизводство и правильное распределение благ. Как утверждает ученый, частный интерес одного никогда не может быть отделен от общего интереса всех, а это бывает при господстве свободы. Мир идет тогда сам собой. Поэтому, по его мысли, желание наслаждаться сообщает обществу движение, которое становится постоянной тенденцией к возможно лучшему состоянию.
Одновременно Ф. Кенэ предупреждает, что верховная власть не должна быть аристократической или предоставленной крупным земельным собственникам; последние, соединившись вместе, могли бы образовать власть более могущественную, чем сами законы, поработить нацию, причинить своими честолюбивыми и жестокими распрями разорение, неустройства, несправедливости, наиболее зверские насилия и создать самую разнузданную анархию. Он считал целесообразным сосредоточить высшую государственную власть в одном просвещенном лице, обладающем знанием законов – естественного порядка, – необходимых для осуществления государственного руководства.
Оценивая методологию исследования Ф. Кенэ и его последователей, Н. Кондратьев отмечал, что физиократы не провели методологической грани между чисто теоретическими и практическими (экономико-политическими) суждениями. Провозглашенная физиократами экономическая наука, по его мнению, изучает физические и моральные законы «наиболее совершенного строя», который вызывает у них вдохновение и энтузиазм, до известной степени сектантский характер всего их течения и мессионизм во взглядах на свою роль.