В настоящее время в сфере транспорта осуществляется реализация инфраструктурных проектов: проводится модернизация железных дорог, начато строительство железнодорожных линий – Узень-госграница с Туркменистаном и Жетыген-Коргас; реализуется программа по модернизации и развитию объектов наземной инфраструктуры; проведена реконструкция 5-ти ключевых аэропортов (Астана, Алматы, Актобе, Атырау, Актау), введен в эксплуатацию новый аэровокзал в аэропорту г. Актау; проводится дальнейшая работа по улучшению технического состояния автомобильных дорог, открыта скоростная автомагистраль «Астана-Щучинск» с 6-ти полосным движением, ежегодно ведется работа по содержанию судоходных водных путей, начата реализация проекта реконструкции Усть-Каменогорского и Бухтарминского шлюзов.
В то же время, значительная часть автотранспортной инфраструктуры эксплуатируется за пределами нормативного срока, другая приближается к этому сроку, в связи с чем существенно ухудшается ситуация по безопасности работы транспорта. Отмечается высокая изношенность имеющейся дорожно-эксплуатационной техники.
В железнодорожной отрасли недостаточно развита сеть железных дорог, растет износ основных средств в железнодорожной отрасли, дефицит пассажирского подвижного состава; низкий уровень сервиса и отсутствие конкуренции; недостаточное финансирование обновления и развития железнодорожного транспорта; действующие принципы тарифообразования и механизм регулирования исключают ориентированность перевозчика на клиента. Необходимо максимально эффективно реализовать транзитный потенциал страны и привлечь новых (частных) субъектов на развитие железнодорожных линий, которые в свою очередь позволят сформировать конкурентную среду в транспортно–коммуникационном комплексе и увеличить парк транспортных средств.
В сфере гражданской авиации основной проблемой является устаревший парк региональных воздушных судов, не соответствующих стандартам Международной организации гражданской авиации (ИКАО), дефицит авиационного персонала, особенно летного состава.
В области водного транспорта наблюдается недостаточная мощность портовой инфраструктуры, слабая развитость сервисной инфраструктуры, дефицит квалифицированных отечественных специалистов, необходима реконструкция судоходных шлюзов.