Система «Галактика» тиражно-заказной продукт. Этап настройки является обязательным при вводе системы в эксплуатацию, модуль Настройка входит в любой комплект поставки. В процессе настройки выполняется первичное заполнение основных каталогов, классификаторов и справочников, которые составляют единую информационную базу и используются всеми модулями системы. Дальнейшее пополнение классификаторов происходит в процессе оперативной работы.
Параметры общесистемной настройки позволяют выбрать из поставляемых с системой алгоритмов выполнения различных функций те, которые максимально соответствуют специфике данного предприятия. Параметры настройки пользователя определяют особенности работы конкретного пользователя. Часть из них, касающаяся прав доступа к документам и возможностей их редактирования, устанавливается только администратором системы.
Важным элементом подготовки системы к работе является настройка аналитик. Аналитики используются как традиционным образом для задания разрезов по счетам бухгалтерского учета и статьям бюджетов, так и для создания шаблонов описаний материальных ценностей с последующим уточнением свойств конкретной материальной ценности, отображения дополнительных полей в документах и др.
Кроме того, большинство модулей имеет собственный блок настройки. В него, в частности, включены функции настройки универсальных иерархических отчетов (Управление снабжением, Управление сбытом, Складской учет), типовых хозяйственных операций (Хозоперации ), формата входящих и исходящих документов (Обмен бизнес-документами ) и т.д. Наибольшие возможности по настройке системы предоставляются в модулях контура Управления производством, которые позволяют конструировать внешний вид документов и создать алгоритмы расчетов с учетом специфики конкретного предприятия.
К настроечным функциям можно отнести также разграничение прав доступа пользователей и настройку корпоративного межофисного обмена данными, если у организации есть удаленные подразделения. Эти функции выполняются с помощью специальных модулей Права доступа и Репликация данных, входящих в контур Системного администрирования.