По мере распространения баптизма и увеличения числа его сторонников он столкнулся с проблемой обоснования своих претензий на церковность. Баптисты хотели показать, что они не секта, не случайно возникшая организация с сомнительным прошлым, но имеют вполне достойных предшественников в церковной истории и являются преемниками Церкви апостольского времени. С другой стороны, баптизм в первые десятилетия и столетия своего существования отожествлялся с анабаптизмом и поэтому в указанный период он всячески стремился отмежеваться анбаптизма. Так до конца XVII века баптисты всячески дистанцировались от анабаптизма, и Смит осуждал доктрину Т. Мюнцера. Но чем больше стиралась в памяти ужасы народной Реформации, тем более либеральным становился взгляд на анабаптизм. Поэтому вопрос преемственности баптизмом анабаптистских идей для самих баптистов решался по разному. В зависимости от политической обстановки менялись задачи и отношение к своим предшественникам апологетов баптизма, которыми были последовательно выдвинуты три теории происхождения баптизма.
Наиболее старой является версия, которую называют иерусалимско-иорданско-иоанитская. Согласно этой гипотезе баптисты существовали со времен служения Иоанна Крестителя. Эта теория, возникшая в во второй четверти XVIII века[336] преследовала цель подчеркнуть преемство по вере баптистских общин Церкви апостольского времени, поскольку их связь анабаптистами не содействовала росту их популярности.
Второй версией была теория анабаптистского родства. Эта теория возникла в средине XIX века, когда многое из истории анабаптизма было забыто. Она имела целью показать, что баптизм не представляет собою какое то особое явление в Церкви, но имеет духовную связь с рядом сект, практиковавших вторичное крещение, а именно с анабаптистами (немецкими, голландскими, швейцарскими), вальденсами, новацианами и донатистами. Признавая сложность установления исторической преемственности, ее сторонники указывают на преемственность идейную в вопросе крещения сознательно уверовавших людей (духовно возрожденных). Практически общим среди баптистов стало мнение, что в анабаптизме следует различать случайные и негативные явления наподобие Т. Мюнцера и Яна Маттийса и истинное религиозное движение воспринятое впоследствии голландскими меннонитами, которые могут рассматриваться как предшественники баптизма. Такое мнение высказал генеральный секретарь (1928-1939), а затем президент (1939-1947) Всемирного союза баптистов Д. Рушбрук.
Третьей была теория английского сепаратистского наследия. Эта теория появилась на рубеже XIX-XX веков. Сторонники данной версии делятся на две части. Одни утверждают, что баптизм ведет начало от партикулярных баптистов, исключая при этом общих, поскольку они в своем большинстве выродились в унитарианство и с ними баптисты не поддерживали контактов. Другие считают, что с 1610 года существовала непрерывная последовательность баптистских общин[337]. Последняя теория сейчас получила наибольшее распространение.