Эти проповеди вызвали резкое противодействие Несторию, прежде всего со стороны свт. Кирилла, архиепископа Александрийского. В учении Нестория он увидел реальную опасность рассечения единого Христа на двоицу сынов.
Сам Несторий, пытаясь объяснить свою позицию, создал учение о так называемом "лице единения" (тгрбсяояоу ^усйоеюс). Несторий в своем богословском видении признавал во Христе два лица, два различных субъекта — Божественный и человеческий. Эти два лица сходятся в некоторое третье лицо, которое Несторий называет термином "лицо единения". Иначе говоря, Христос предстает перед нами в Евангелии как единое Лицо, как единая Личность только субъективно; по отношению к внешнему наблюдателю Он есть единое Существо, единое Лицо, но в Самом Себе Он заключает два лица, Божественное и человеческое. Сам Несторий никогда не утверждал, что во Христе два лица, две личности, но весь образ его мысли свидетельствует о том, что он полагал во Христе второй ипостас-ный центр, человеческий, отличный от Ипостаси Бога Слова.
Таким образом, получалось, что Сын Божий и Сын Марии личностно разделены, между ними существует только нравственная связь, подобная той, которая существовала между Богом и ветхозаветными праведниками, а, следовательно, путь к реальному обожению для человека по-прежнему закрыт.
В противоположность Несторию, свт. Кирилл Александрийский предложил учение об ипостасном, или о физическом единстве. В одном из своих посланий, адресованных Несторию, он пишет: "Слово, соединив собой ипостасно плоть, одушевленную разумной душой, неизреченно и непостижимо для нашего ума, стало человеком и наименовало Себя Сыном Человеческим". Хотя основная интуиция свт. Кирилла была правильной, у него также не хватало терминов для выражения образа соединения природ, он вынужден пользоваться конкретными примерами и образами.
Чаше всего он использует антропологический пример, т.е. приводит пример человека, который представляет собой единое существо, единую ипостась, единую личность, состоящую из Двух реально различных природ, души и тела. У свт. Кирилла это основной христологический образ, абстрагируясь от которого, невозможно понять ни логику его мыслей, ни его терминологию.
Согласно свт. Кириллу, Божество и человечество во Христе соединились ипостасно, подобно тому, как ипостасно соединяются душа и тело в человеке. Это есть особый вид единства, предполагающий не внешнее подлеположение природ, как у Нестория, но их взаимное общение и взаимное проникновение внутри единой Ипостаси. Для свт. Кирилла недопустимо говорить о каком-то особом лице, об особой личности, особом человеческом "я". Во Христе только одно "Я", это "Я" Второго Лица Пресвятой Троицы, Сына Божия. Христос говорит о Себе в первом лице и как о Боге, и как о человеке. Именно Второе Лицо Пресвятой Троицы, Бог Слово, является субъектом, подлежащим всех действий и состояний Богочеловека. Во Христе имеет место единый личностный субъект, тождественный Второму Лицу Пресвятой Троицы. Особой человеческой личности, особого человеческого субъекта во Христе нет.
Однако богословие свт. Кирилла тоже не было лишено недостатков. В частности, у него мало попыток положительного изложения, в основном это полемика, как правило, довольно резкая. Кроме того, у свт. Кирилла отсутствует четкая терминология, например, нет строгого различения терминов "ипостась" и "природа". К тому же свт. Кирилл, добросовестно заблуждаясь, пользовался аполлинарианскими подлогами, т.е. книгами, которые, как он считал, принадлежат отцам Церкви, свт. Афанасию Александрийскому и др., в действительности же принадлежащими перу Аполлинария Лаодикийского. Ученики Аполлинария, желая спасти эти книги от уничтожения, надписывали их именами уважаемых отцов Церкви. Знаменитая формула "единая природа Бога Слова воплощенная" была заимствована свт. Кириллом из этой псевдо-эпиграфической литературы.