Духоборцы ссылались на Пролог Евангелия от Иоанна (Ин. 1,3), потому что там сказано, что через Сына "Все ... начало быть."...
Святитель Григорий Богослов так разъясняет это место (Слово 31):
"У Евангелиста не сказано просто "все", а все, что стало быть, т. е. все, что получило начало бытия, не с Сыном Отец, не с Сыном и все, что не имело начатка бытия". Иными словами, если мысль духоборцев логически продолжать, то можно дойти до абсурда и утверждать, что не только Дух Святой, но и Отец, и Сам Сын получили бытие через Слово.
Иногда ссылаются на то, что Дух Святый в перечислении Божественных Лиц в Свщ. Писании всегда поставляется на последнее, третье место, что якобы является знаком умаления Его достоинства.
Однако, есть тексты Священного Писания, где Дух Святый стоит не на третьем, а на втором месте. Например в 1 Пет. 1, 2, сказано так: "По предведению Бога Отца, при освящении от Духа, к послушанию и окроплению кровью Иисуса Христа". Здесь Св. Дух поставлен на второе, а не на третье место.
Святитель Григорий Нисский ("Слове о Духе Святом против македониан-духоборов", 6 глава) говорит:
"Порядок по числу почитать знаком некоторого уменьшения и изменения по естеству, было бы подобно тому, как если бы кто, видя пламень, разделенный в трех светильниках (а предположим, что причина третьего пламени есть первый пламень, возжегший последний преемственно через третий), потом стал утверждать, что жар в первом пламени сильнее, а в следующем уступает и изменяется в меньшей, третий же уже не называет и огнем, хотя бы он так же точно жег, и светил, и производил все, что свойственно огню".
Таким образом, поставление Святого Духа на третье место обусловлено не Его достоинством, а характером Божественного домостроительства, в порядке домостроительства Дух преем-ствует Сыну, завершая Его дело.