По своему ближайшему внутреннему смыслу вхождение первосвященника во Святое Святых только однажды в год указывало на то, что грех положил трудно преодолимую преграду между Богом и согрешившим человеком, оттолкнул человека от Бога, что осуждение тяготеет над согрешившим человеком. Воскурение фимиама означало молитвенное предстательство первосвященника за себя и за народ.
Кропление жертвенною кровью крышки и перед крышкою ковчега указывало, что очищение своих грехов человечество ожидает от Бога, видимым местом обитания которого среди Израиля было святое святых. Наконец, изгнание козла в пустыню после того, как первосвященник исповедовал над ним грехи народа, означало, что из среды последнего неправда и беззакония удаляются в пустыню, царство греха и диавола становятся вне царства Божия.
Но кроме этого ближайшего значения обряды для очищения имели глубокий таинственно-прообразовательный смысл, который указан святым апостолом Павлом в послании к Евреям. По апостолу, вхождение первосвященника во святое святых с жертвенною кровью предсказывало Христа Спасителя, Который как «Первосвященник будущих благ, придя с большею и совершеннейшею скиниею, нерукотворною, то есть не такового устроения, и не с кровью козлов и тельцов, но со Своею Кровию, однажды вошел во святилище и приобрел вечное искупление» (Евр. 9, 11-12).
Таким образом, действия первосвященника в день очищения прообразовали страдания Спасителя, Его вознесение и ходатайство за верующих на небеси перед Богом Отцом — искупление человечества вообще.