В 1821г. вспыхнуло восстание в Морее (то есть в центральной части Греции) против турок. Константинопольский Патриарх Григорий V был убит турками и повешен на воротах Патриархии. Патриархи после Григория под давлением турок (как вы помните, Патриарх Григорий анафематствовал всех участников восстания) тоже выпускали различные акты запретительного свойства против восставших. Поэтому после 1821г. в Греции стали поминать не Константинопольского Патриарха, а всякую православную епископию (то есть также как автокефальная Церковь). Но греки не считали себя автокефальными, и епископат объяснял, что это вынужденная мера, поскольку Константинополь завоеван турками. В апреле 1827г. правителем Греции был избран граф Иоанн Каподи́стрия, русофил одно время даже живший в России. Он учредил Церковный Синод из пяти епископов, при этом Каподистрия не отвергал зависимость от Константинопольского Патриарха, говоря, что в данный момент общение с Константинополем затруднено по политическим причинам (Константинополь находился во власти турок и Каподистрия, конечно же, не желал подчиняться туркам). Но Народное собрание греков (по-нашему Земский собор) решило учредить другой Синод, наподобие министерства. Поэтому Иоанн Каподистрия упразднил Синод и учредил министерство во главе с чиновником. По мысли Каподистрии министерство должно было заниматься церковно-государственными делами, то есть административными вопросами, а церковные вопросы должны были решаться епископами по согласованию с Константинопольским Патриархом. Даже началась переписка между Константинопольским Патриархом и греческим епископатом, но в сентябре 1831г. Каподистрия был убит. А в январе 1833г. в Грецию прибыл новый король Фридрих Оттон сын баварского короля Людовика, которому было 17 лет. С ним прибыли регенты-баварцы. Новое правительство, протестантское по своему характеру, сменило весь состав министерства Церковных дел и учредило комиссию для исследования церковных дел в государстве и составления проекта управления Церковью. Во главе комиссии был поставлен новый министр внутренних дел. Самым активным членом комиссии стал протестантствующий иеромонах Феоклид Фармаки́д – горячий патриот Греции. Комиссия высказалась за автокефалию. Летом 1833г. был созван собор из всех епископов Греции, который также подтвердил автокефалию. На соборе было принято новое Положение об управлении Греческой Церковью. Этим Положением был утвержден Синод во главе с обер-прокурором, в состав которого входили епископы и пресвитеры. Нечто похожее было и в России при Петре I. Но этот Синод, в отличие от российского, подчинялся даже не царю, а министерству. И в отличие от Петра, бывшего все-таки православным, король Греции по своим взглядам таковым не был.
В результате такой политики в греческом Синоде очень сильное влияние имели светские лица, и естественно архиереи этим были недовольны. Константинопольский Патриарх признал незаконными автокефалию и учреждение Синода. В стране начались волнения. В 1850г. в Константинополь было отправлено посольство. Причиной этому послужило следующее обстоятельство. В Константинополе умер греческий чиновник, и он был с честью похоронен Константинопольским Патриархом. Правительство Греции, желая как-то отблагодарить Патриарха, послало ему крест и вместе с крестом послание от Синода. Патриарх ответил, что он такого Синода не знает. После этого в Константинополь было направленно посольство с просьбой утвердить просьбу об автокефалии Элладской Церкви. В 1850г. собор в Константинополе признал автокефалию Элладской Церкви, Синод был реорганизован: в нем остались только архиереи (священники были изгнаны). Это важное каноническое требование. Наш Синод в этом отношении был не совсем каноническим именно потому, что в него входили священники. Но сам Синод остался под контролем государственной власти Греции.