Одним из важных различий между протестантским и римско-католическим пониманием "последних явлений" является вопрос о чистилище. Чистилище лучше всего представить как промежуточную ступень, на которой тем, кто умер в состоянии благодати, дается возможность очиститься от вины своих грехов прежде чем войти на небеса. Эта идея не имеет явных библейских оснований, хотя в 2 Макк.12 39-45 (которое протестантские авторы считают апокрифическим и, следовательно, не имеющим авторитета) говорится о том, что Иуда Маккавей "принес за умерших умилостивительную жертву, да разрешатся от греха".
Эта идея была разработана в святоотеческий период. Климент Александрийский и Ориген учили, что те, кто умерли, не имея времени совершить труды покаяния "будут очищены без огня" в следующей жизни. Практика молитвы за умерших, которая получила широкое распространение в Восточной церкви в первые четыре века, оказала большое воздействие на это богословское положение и является отличным примером того, как литургия влияет на богословие. В чем смысл молитвы за мертвых, если эти молитвы не могут изменить состояние, в котором они находились? Аналогичные взгляды можно найти у Августина, который учил о необходимости очищения от грехов в нынешней жизни, прежде чем войти в радость следующей. Фома Аквинский проводил разграничение между виной и наказанием за грех. Вина греха может быть снята сразу же после смерти; однако, наказание за эти грехи должно быть понесено в чистилище.
Деятели Реформации шестнадцатого века отвергли идею о чистилище. Направленная против нее критика имела два аспекта. Во-первых, считалось, что у нее отсутствуют какие-либо существенные библейские основания. Во-вторых, она противоречила доктрине об оправдании одной верой, которая гласит, что человек может "оправдаться перед Богом" верой, а это создает такие отношения, которые делают существование чистилища излишним. Избавившись от идеи о чистилище, ре-, форматоры не увидели какой-либо насущной необходимости в молитвах за умерших, которые с тех пор были исключены из протестантских литургий. Однако, как концепция чистилища, так и практика молитвы за умерших продолжают находить признание в римском католицизме.