Если главной заботой первого поколения реформаторов представлялся вопрос о благодати Божьей, то второе поколение обратило свое внимание на вопрос о Церкви. Порвав с господствующим мнением католической церкви по поводу доктрины благодати, реформаторы столкнулись с необходимостью выработать связную теорию Церкви, которая оправдала бы этот разрыв и послужила основанием возникновения в западноевропейских городах новых евангелических церквей. В то время как Лютер занимался, в первую очередь, с доктриной благодати, Мартин Букер и Жан Кальвин внесли решающий вклад в выработку протестантского понимания Церкви. Это понимание впоследствии приобрело огромное значение для мирового христианства и будет подробнее рассмотрено ниже.