На утверждение людей с религиозным мировоззрением о том, что распространение религии способствует укреплению моральных и «духовных» ценностей, их оппоненты отвечают, что по-настоящему нравственный человек поступает хорошо добровольно, по внутреннему убеждению и по велению автономной совести, а не с целью избежать страшного наказания от того или иного бога (хотя следует признать, что далеко не во всех религиях страх наказания является мотивирующим фактором к самосовершенствованию). Также атеисты уверены, что сам по себе атеизм не побуждает к насилию, в то время как религия способствует массовой жестокости постоянно и в особенности по отношению к инаковерующим.
Атеисты предлагают свои системы моральных принципов (например, светский гуманизм) и свои объяснения возникновения совести и морали — не внушением людям нравственности откуда-то «свыше», а как феноменов, имеющих биологическую и этологическую первоосновы и дававших определённые эволюционные преимущества виду Homo Sapiens, что и обусловило наблюдаемое сочетание генетического и социального (воспитание) механизмов их передачи между поколениями. Одним из авторитетных специалистов в области морали и этики, академиком А. А. Гусейновым, была сформулирована гипотеза о стадиальном происхождении нравственности, критерием которой служило обособление индивида от родо-племенной общности в качестве самодеятельной личности. О взаимосвязи между религией и моралью он высказался следующим образом: «Мораль, несомненно, зависит от религии в том смысле, что взаимодействует с ней также как с другими формами культуры – искусством, наукой, может быть даже теснее, чем с ними. У морали и религии есть общие точки пересечения. Так, например, для них (и только для них) специфична проблема смысла жизни человека. <...>Мораль не только может быть независимой от религии или других детерминирующих ее факторов. Но только такой она и может быть! Она выражает автономию личности»