В раннем древнегреческом языке прилагательное ἄθεος означало «отрицающий богов». Слово стало означать намеренное, активное безбожие в V веке до н. э. и приобрело смысл «разорвавший отношения с богами», «отрицающий богов, безбожник». К тому, кто отрицал местных богов, хотя при этом мог верить в других богов, стали применять термин ἀσεβής — «нечестивый». Сегодня слово atheos в классических текстах иногда переводится как «атеистический». Также было абстрактное имя существительное ἀθεότης, «атеизм». Цицеронсделал латинскую транслитерацию греческого слова — atheos. Термин широко использовался в спорах между ранними христианами иязычниками, причём каждая сторона уничижительно обозначала им своих оппонентов.
Слово атеист впервые было использовано для обозначения практического безбожия в 1577 году. Позднее возникли родственные слова: деист — в 1621 году, теист — в 1662, теизм — в 1678 (по другим источникам — в 1743) и деизм — в 1682. Значения слов «деизм» и «теизм» несколько изменились в районе 1700 года под влиянием атеизма. Слово «деизм» изначально имело то же значение, что и современное слово «теизм», но позднее стало обозначать отдельное философское учение.
Карен Армстронг пишет, что «в шестнадцатом и семнадцатом столетиях слово атеист применялось исключительно в полемике. Термин атеист был оскорбительным. Никому и в голову не могло прийти назвать себя атеистом». Слово «атеизм» в Европе стало использоваться для описания собственных убеждений в XVIII веке и означало отказ от веры вмонотеистического иудео-христианского бога. В XX веке благодаря глобализации термин распространился и стал означать отрицание веры во всевозможные божества, хотя до настоящего времени в России и на Западе атеизм принято определять как «отказ от веры в бога».