Протестантская ортодоксия была разработана М.Лютером, Ж.Кальвином и др. М.Лютер противопоставил умозрительной философии и теологии, направленной на познание сущности Бога и его атрибутов, богооткровенную теологию, предметом которой является спасение грешника. Реформаторы отказывались от рациональных доказательств бытия Бога во имя учения о божественном откровении.
В своем учении о двойственности человеческого бытия Лютер, Кальвин и другие реформаторы развили важную в христианской философии и теологии тему греха как отчуждения человека от Бога и раскрывали личностные и социальные аспекты этого отчуждения. Человек, согласно известному тексту из послания апостола Павла, сознает, что делает не то доброе, что хочет делать, но злое, которого не хочет (Рим. 7:14—25). Лютер подчеркивал, что жизнь христианина являет собой раздвоение на внутреннего и внешнего человека, духовного и плоского. В отличие от средневековой доктрины о повреждении грехом природы человека Лютер учил, что грех полностью извращает природу человека. Вместе с тем в учении реформаторов о человеке как непостижимо оправданном грешнике выражен жгучий интерес к человеческой индивидуальности и обоснованию ее ценности. Настаивая на оправдании одной только верой в Иисуса Христа, подчеркивая личное преобразование человека, его «рождение свыше», покаяние, обращение, освящение, реформаторы заменили внешние чудеса чудом преобразования личности. Отсюда проистекало существенное усиление внимания в их теологии к религиозному опыту.
Христианин представляется Лютеру одновременно и свободным в вере господином всех вещей, и рабом, подчиненным законам тварного мира. В трактате «О рабстве воли» Лютер отрицает у падшего человека стремление к добру. Только по благодати, в вере обретает человек внутреннюю свободу и надеется получить в окончательном явлении Бога, в «свете славы» разрешение всех вопросов, неразрешимых в свете природного разума.
В центре кальвинистской теологии находится учение о Боге как абсолютной суверенной воле, источнике любых норм и установлений. Человек, согласно Ж.Кальвину, предназначен быть «сосудом воли Божией», но в результате первородного греха утрачивает образ Божий, способность быть «зеркалом Божественной славы». Предопределение к спасению или к гибели считается непостижимым для живых людей, скрытым от них решением Божиим. Человек должен, безусловно, подчиниться воле Бога. Эта самоотдача себя Богу производит в истинно верующем, а значит, избранном человеке, чудо. Он становится, абсолютно, уверен в том, что предопределен к вечной жизни и его ничто не может похитить из рук Божиих. Человек должен поступать так, чтобы быть достойным вечного блаженства, если он к нему предопределен. Мир рассматривается как средство реализации замыслов Бога и подлежит преобразованию в соответствии с ними. Интенсивная профессиональная деятельность понимается как религиозная обязанность, леность приравнивается к греху.
Основополагающие идеи основателей протестантизма явились в дальнейшем предметом философской рефлексии в контексте общей протестантской парадигмы. Модернистское протестантское богословие XIX в. получило название «либеральной теологии», поскольку исходило из принципа автономии субъекта, свободы разума, частной инициативы. Стремление обновить теологию с помощью экзистенциальной философии было свойственно Паулю Тиллиху (1886-1965), немецко-американскому теологу и философу. Протестантскую теологию и философию на разных этапах ее существования развивали Ф.Шлейермахер, Д.Штраус, А.Гарнак, К.Барт, Р.Бультман, Д.Бонхеффер и др.