Наиболее ярким представителем антиохийской школы является Несторий (+451), который, став в 428 г. патриархом Константинополя, заявил, что отказывается именовать Деву Марию – Богородицей, потому что Тот, Кто родился от Нее, - это не Бог, а простой человек. Тем самым Несторий разделил живое единство Христа и стал утверждать, что оно двоится, с одной стороны, это Предвечный Сын Божий и Логос, а с другой стороны, - рождённый Марией человек Иисус.Таким образом, сочетание Божественной и человеческой природ во Христе покоится на отношении человека Иисуса к Логосу. Соответственно, существует лишь моральное единство, возникающее потому, что Иисус из Назарета сохранил себя в полном послушании Отцу и тем самым заслужил единения с Богом. В связи с этим, учение Нестория иногда называют «христологией полнейшего послушания». Если сказать кратко, то Несторий учит не только о двух природах, Божественной и человеческой, но и о двух лицах во Христе.
Лишь имя «Христос», рассуждал Несторий, обозначает обе природы и лишь к нему можно применять и человеческие, и Божественные действия и признаки. Но к имени Бог дозволительно только относить действия Божественные. К Христу, как человеку, – только предикаты человеческие. Нельзя сказать: «Предвечный младенец», «Бог питался млеком».
Таким образом, Антиохийское богословие имеет тенденцию по отдельности анализировать то, что в жизни Христа считается принадлежащим или Его Божественной природе, или Его человечеству. Были составлены списки подобных различных по принадлежности действий: так, чудеса, Преображение – это от Божества, а чувство голода, жажда или усталость – от человеческой природы. Указанные распределения подвергаются опасности превратиться в нечто искусственное, поскольку они, как кажется, разрывают жизненное единство Иисуса Христа. С другой стороны, их можно найти уже в новозаветной христологии, где проводится разграничение, например, между образом Бога и образом раба (Флп.2) или между славой и бесславием (Ин.17). Сделав выводы, Несторий констатирует: «Обе природы присущи «Христу» и не присущи «Богу-Слову». Тот субъект, который страдал, был вознесен на крест и затем воскрес, – это Христос. Поэтому Несторий предлагает именовать Деву Марию Христородицей, а не Богородицей, поскольку в последнем случае недалеко до недоразумения, что Мария родила Бога и что Бог (Сын) начал Свое бытие только с рождения Его Марией».