В определенном смысле экклезиологический вопрос представляет собой просто ответвление богословского. Евангельские христиане не объединяются с группами, не разделяющими их учения о церкви. Но здесь встают вопросы и более широкого плана. Евангельские христиане подчеркивают, что должно быть принципиальное согласие в понимании того, что делает церковь церковью. Делает ли церковь христиан христианами или христиане делают церковь церковью? В каком-то смысле речь здесь идет о самой природе христианства. Возникает вопрос и о значении термина церковь. Относится ли он главным образом к местному собранию верующих, конфессиональной группе или союзу церквей? Необходимо также согласие в отношении структуры организации церкви, а также званий и функций служителей. Объединение убежденных епископальных христиан и твердых конгрегационалистов вряд ли возможно без определенных трений, касающихся организации церкви, ее управления, значения и критериев рукоположения и других сопутствующих вопросов. Необходимо уделять внимание и таким проблемам, как цели и стратегия церкви, допустимость социальной и политической деятельности и степень участия в ней, взаимоотношения между церковью и государством.
Характерно, что именно перечисленные выше проблемы и связанные с ними вопросы, касающиеся совершения таинств, вызывают в экуменическом движении наиболее серьезные трения и создают самые большие трудности, как это было и в XVI веке, когда Мартину Лютеру и Ульриху Цвингли не удалось объединить два крыла Реформации и диалог прервался из-за несогласия по вопросу о природе присутствия Христа в вечере Господней. Причина очевидна. Что касается других областей вероучения, личные мнения можно считать допустимыми. Но церковь и таинства - внешние, видимые компоненты христианства. Поэтому в их отношении необходим более высокий уровень согласия.