Император Акбар принимает при своём дворе иезуитов. Мусульманский император Акбар отличался большой терпимостью к индуизму — он женился на индуске, праздновал индуистские праздники и даже создал новую синкретическую религию дин-и иллахи, которая представляла собой синтез ислама и индуизма с элементами джайнизма, христианства и зороастризма.
Хотя ислам пришёл в Индию уже в начале VII века вместе с арабскими купцами, в одну из основных религий он превратился в более поздний период завоевания мусульманами Индийского субконтинента[69]. Во время этого периода буддизм окончательно пришёл в упадок, а многие индуисты обратились в ислам. В исламе индуисты нашли совершенно другие концепции Бога, истины, отношения к насилию и социального устройства.
Во время периода исламских завоеваний в ислам были обращены многие последователи индуизма. Смешанные браки и приток мусульман из арабских стран сыграли важную роль в становлении ислама в Индии. Для мусульманских правителей было характерно презрительное и пренебрежительное отношение к самой идее индуизма — они считали индуистские религиозные практики идолопоклонством и часто выступали как «иконоборцы». Самыми известными примерами подобных правителей являются Махмуд Газневи и могольский император Аурангзеб. Мусульмане также установили в Индии особую кастовую систему, которая разделила мусульман — потомков арабов «ашрафов», тех кто обратился в ислам «аджлафов», и неприкасаемых «арзалов». Но были и мусульманские правители, которые, в основном из политических соображений, относились к индуизму более терпимо. Император Акбар и Ибрахим Адиль-Шах II из Биджапурского султаната являются самыми яркими примерами подобных лидеров. Двор Акбара был домом как для мусульманских, так и для индусских святых и интеллектуалов. С целью сблизить основные религии своей империи, Акбар даже создал синкретическую религиозную доктрину дин-и иллахи, представлявшую собой синтез ислама, индуизма и джайнизма с некоторыми элементами христианства и зороастризма.
В различных формах искусства времён Империи Великих Моголов, в особенности в миниатюрах и некоторых поэтических произведениях на урду, нашли своё отражение классические индуистские мотивы, такие как любовные истории Кришны и Радхи. Музыка хиндустани, одно из направлений в классической индийской музыке, сочетает в себе ведийские понятия о звуке, раги и талы. В ней используются музыкальные инструменты как ближневосточного происхождения, так и индо-мусульманские изобретения.
В V—VI веках в Южной Индии появились первые христианские общины. Взаимоотношения индуизма с христианством, так же как и с исламом, исторически базировались на неравном балансе политического и культурного влияния. Массовое распространение христианства началось только во время британского колониального правительства, покровительством и защитой которого пользовались британские христианские миссионеры, глубоко осуждавшие такие практики индуизма, как поклонение мурти (рассматривавшееся как идолопоклонство), ритуал сати и детские свадьбы. Прозелитическая деятельность христианских миссионеров часто вызывала недовольство индуистов, которое в конце XX века выразилось в нападениях на христиан-далитов и их церкви в различных частях Индии, в особенности в Ориссе и Гуджарате.