В Средние века индуизм претерпел большие изменения, в основном благодаря известным ачарьям Раманудже, Мадхве и Чайтанье. Последователи движений бхакти заменили абстрактную концепцию Брахмана, сформулированную Шанкарой, эмоциональной и страстной преданностью Вишну и его аватарам, в частности Кришне и Раме.
Элементы бхакти уже присутствовали в ведийский период, но широко традиция распространилась только в VI—X веках, сначала в Южной Индии, а потом и в Северной. Своё выражение она нашла в поэмах и гимнах альваров и наянаров, составленных на тамильском языке и посвящённых Вишну и Шиве. Подобно традициям мирской эротической поэзии, поэты-бхакты часто применяли к Богу чувства разлуки женщины со своим возлюбленным.
Хотя бхакти является также частью шиваизма и шактизма, движение бхакти главным образом было именно вайшнавским. Одним из основных направлений бхакти в вайшнавизме, получившем наибольшее распространение в Восточной Индии — Бенгалии, Ориссе и Ассаме — стал гаудия-вайшнавизм. Эта ветвь кришнаизма, последователи которой поклоняются Кришне как изначальной форме Бога, возникла в начале XVI века в Бенгалии. Её основоположником был вайшнавский святой и реформатор Чайтанья (1486—1534).
Широкое распространение также получила синкретическая форма бхакти, в которой суфизм сочетался с индуистскими традициями веданты и йоги. Суфийский святой Шейх Мухаммад выбрал объектом своего поклонения Раму. Кабир заявлял о том, что не принадлежал ни к индуизму, ни к исламу. Он сочинял стихи и проповедовал людям учение, сочетавшее в себе философии и духовные практики обеих религий, таким образом бросая вызов традиционным религиозным устоям индуизма и ислама того времени. Взаимодействие между суфиями и бхактами в некоторых регионах Индии привело к тому, что индуисты и мусульмане собирались вместе в мазаре (суфийском храме) на богослужение, проводимое вайшнавским пуджари.