Сектоведение как самостоятельная академическая дисциплина появилась в академиях только в начале XX века. До этого времени изучение и критика сектантства числилась за кафедрой истории и критики русского раскола.
По Уставу 1869 года в академиях преподавалась дисциплина история и обличение русского раскола, которая согласно Уставу 1884 г. была переименована и называлась история и критика русского раскола. В 1908 г. по указанию Святейшего Синода была проведена ревизия духовных академий и после отчетов ревизоров Синод принял решение переработать уставы и пересмотреть штаты академий.
Очередная реорганизация академического образования состоялась в 1910 году. В соответствии с новым академическим Уставом, предполагавшему ряд изменений в том числе увеличение числа кафедр, расширение преподавательского персонала и введение новых предметов, Сектоведение упоминается в качестве дополнения к “истории и обличению западных исповеданий”. И только по академическому Уставу 1912 года была образована новая кафедра и Сектоведения выделилось в самостоятельный предмет “История и критика сектантства”.
Как самостоятельная кафедра в академии Сектоведение существует до настоящего времени.