В начале 70-х гг. Пракхупада приступил в организации руководящего аппарата, который в случае его смерти мог был руководить сектой. Сегодня главным руководящим органом является т.н. Общий совет директоров, которому подчиняется около 50 инициирующих гуру. В организационном отношении секта кришнаитов представляет собой подобие всемирной конфедерации, состоящей из множества ашрамов (монастырей) храмов, институтов, общи и гурукул (заведение для общего среднего образования детей). В МОСК имеется своя служба коммуникации, которая выпускает журнал "Хари Кришна сегодня", а также регулярно в Голливуде издается журнал "Назад к Божеству", который бал учрежден ещё Пракхупадой.