Поскольку Реформация проводилась “сверху”, она не воплотила все идеи тех, кто стремился к радикальной перестройке Католической Церкви. Полумеры правительства вызвали движение за дальнейшее очищение церкви от папизма, которое требовало в основном изменения богослужебной практики и церковного устройства: отмены мессы, отвергали почитание икон и Креста, изменении обряда, напоминавшего католический и убранства храмов, замены епископальной системы пресвитерианской, (реформаторы требовали передать общинам право избирать пресвитеров, а следовательно и руководство церкви).
Вскоре реформаторы подверглись преследованиям со стороны Англиканской церкви и многие из них вынуждены были покинуть Англию и бежать в Германию, Швейцарию и Францию. В континентальной Европе они увидели воплощение своих устремлений в учении и практике протестантских церквей Цюриха, Страсбурга и других, а также познакомились с учением Цвингли, Лютера, Кальвина, и иных протестантских идеологов.
В октябре 1555 года в Женеве при непосредственном участии Кальвина была создана первая английская кальвинская община. Английских кальвинистов стали называть пуританами. Эта презрительная кличка была присвоена за часто повторявшееся ими требование очищения Англиканской Церкви от “папистской грязи”. Название движение было образовано от латинского purus - чистый. С созданием кальвинской общины связывают начало пуританского движения в Англии. Пуритане в соответствии с доктриной Кальвина требовали, чтобы королева подчинялась Церкви, а не возглавляла ее, чем вызывали к себе враждебное отношение со стороны Англиканской Церкви.
Движение пуритан состояло из пресвитериан и индепендентов (их еще именовали конгрегационалистами или сепаратистами). Они отличались между собою учением о Церкви и взглядом на церковно-государственные отношения.
Пресвитериане полагали, что все верующие, живущие на определенной территории и крещенные в младенчестве, являются членами приходской церкви. Индепенденты также признавали крещение младенцев, однако, членами церкви, по их представлению, они могут стать лишь впоследствии, когда сознательно обратятся ко Христу, то есть, после того как подтвердят делами свое покаяние. Для взрослых вхождение в церковь возможно лишь после обращения и последующего за ним крещения. Без удовлетворения этим условиям никто не может быть допущен к хлебопреломлению. Дальнейшее развитие принципов конгрегационализма привело к возникновению баптизма.
Баптизм отличался от конгрегационализма требованием крещения для всех в сознательном возрасте.
Что же касается отношения к государственной власти, то пресвитериане, придерживавшиеся кальвинских взглядов, “признавали право светской власти надзирать за жизнью церкви, поддерживать и защищать ее путем законодательства, финансовой политики, преследовать “еретиков”, выступавших против узаконенной церкви”.
Сепаратисты или индепенденты, считали, что истинная церковь может быть создана лишь вне государственной церкви. Они выдвигали требование о предоставлении полной независимости и самостоятельности каждой общине (конгрегации) от светской власти только в религиозных вопросах. Во всем же остальном власть должна оказывать им поддержку и ответственна за состояние церкви[7]. Впоследствии в баптизме эта идея будет развита и требование полной независимости Церкви от всех по всем вопросам станет одним из главных его положений.