Дизайн белковых молекул. Задача дизайна обратная по отношению к задаче предсказания структуры.
Если при предсказании мы должны найти пространственную структуру, наиболее пригодную для рассматриваемой последовательности то при дизайне мы должны найти, сконструировать последовательность, годную для создания желаемой пространственной структуры.
В этом подходе используют как экспериментальные методы, так и методы компьютерного моделирования. Олигонуклеотидный синтез и техника рекомбинантных ДНК дали возможность получения генов белков, не существовавших в природе рентген и ЯМР позволили увидеть трехмерные структуры белков а мощные ЭВМ и компьютерная графика позволили вступить в интерактивный диалог с этими пространственными структурами, менять в них что-то и оценить последствия этих изменений.
Остановимся на методах компьютерного моделирования и рассмотрим некоторые модели, используемые для создание первичной последовательности цепи. Можно сказать, что термин дизайн применим не только к белкам, но и к любым последовательностям, обладающих специфическими свойствами. 2.5.