Содержание йода в земной коре колеблется от 0,01 до 6 мг/ кг, достигая максимума в обогащенных органическим веществом сланцах. Минеральные соединения йода легкорастворимы, поэтому йод энергично выносится в гидросферу при выветривании горных пород. Химия йода как биофильного элемента во многом обусловлена его участием в биологических процессах. Йод входит в состав тироксина - гормона щитовидной железы, и недостаток йода ослабляет ее деятельность, приводя к заболеваниям человека (зоб) и животных.
В почвах содержится от 0 1 до 40 мг/кг йода при среднем содержании порядка 3 мг/кг. В почвах ряда островов (Ирландии, Японии, Новой Зеландии) содержание йода может достигать 80 мг/кг, что обусловлено высоким содержанием йода в морской воде. Почвы прибрежной зоны также обогащены йодом, тогда как почвы, сформированные на современных ледниковых отложениях, обычно им обеднены. Легкие почвы гумидных районов также относительно обеднены йодом, а высокогумусные и оглеенные почвы — обогащены. При обычных условиях йод существует в виде иодидов, иодатов, иодорганических соединений. Накоплению йода в почвах способствует обогащение их коллоидными частицами и органическим веществом. В кислых почвах подвижность йода возрастает, что способствует его потерям, особенно при легком механическом составе.
Загрязнения окружающей среды йодом и его соединениями возможно при сжигании углей (вблизи ТЭЦ) или бурых водорослей, из которых добывают йод, а также в районах автомагистралей. Некоторые осадки сточных вод могут служить источником загрязнения поверхностных горизонтов йодом. В связи с развитием ядерной энергетики особую актуальность приобретает проблема выбросов и обнаружения в биосфере долгоживущих радионуклидов 129I, 131I.