Белки, входящие в состав ЛП, называются апопротеины (апобелки, апо). К наиболее распространенным апопротеинам относят: апо А-I, А-II, В-48, В-100, С-I, С-II, С-III, D, Е. Апобелки могут быть периферическими (гидрофильные: А-II, С-II, Е) и интегральными (имеют гидрофобный участок: В-48, В-100). Периферические апо переходят между ЛП, а интегральные – нет. Апопротеины выполняют несколько функций:
| Апобелок | Функция | Место образования | Локализация |
| А-I | Активатор ЛХАТ, образование ЭХС | печень | ЛПВП |
| А-II | Активатор ЛХАТ, образование ЭХС | ЛПВП, ХМ | |
| В-48 | Структурная (синтез ЛП), рецепторная (фагоцитоз ЛП) | энтероцит | ХМ |
| В-100 | Структурная (синтез ЛП), рецепторная (фагоцитоз ЛП) | печень | ЛПОНП, ЛППП, ЛПНП |
| С-I | Активатор ЛХАТ, образование ЭХС | Печень | ЛПВП, ЛПОНП |
| С-II | Активатор ЛПЛ, стимулирует гидролиз ТГ в ЛП | Печень | ЛПВП→ ХМ, ЛПОНП |
| С-III | Ингибитор ЛПЛ, ингибирует гидролиз ТГ в ЛП | Печень | ЛПВП → ХМ, ЛПОНП |
| D | Перенос эфиров холестерина (БПЭХ) | Печень | ЛПВП |
| Е | Рецепторная, фагоцитоз ЛП | печень | ЛПВП→ ХМ, ЛПОНП, ЛППП |