Біологічні методи аналізу базуються на тому, що для життєдіяльності; росту, розмноження й взагалі нормального функціонування живих істот необхідне середовище певного хімічного складу. При зміні цього складу, наприклад, при виключенні з середовища якого-небудь компонента або введенні додаткової (яку визначають) сполуки, організм через якийсь час, іноді практично відразу, подає відповідний сигнал. Установлення зв’язку характеру або інтенсивності відповідного сигналу організму з кількістю введеного в середовище або видаленого з середовища компонента існує для його виявлення й визначення.
Діапазон вмістів, що визначають біологічними методами залежить від спрямованості й тривалості впливу хімічної сполуки на організм, температури й рн середовища, рівня організації індикатрного організму, його індивідуальних, вікових, статевих особливостей. У таблиці 2 наведено приклади визначення сполук біологічними методами.
Водних безхребетних − ракоподібних (найчастіше рачків, дафній) − широко застосовують для оцінки санітарно-гігієнічного стану вод. Як аналітичний сигнал у цьому випадку використовують деякі фізіологічні показники: виживаність, частоту руху ніжок, період скорочення серця (у дафній), забарвлення тіл загиблих організмів і т. д.
До біохімічних методів відносять методи, засновані на використанні процесів, що відбуваються за участю біологічних компонентів (ферментів, антитіл і т. п.). Аналітичним сигналом при цьому найчастіше є або початкова швидкість процесу, або кінцева концентрація одного з продуктів реакції, яку визначають будь-яким інструментальним методом (спектрофотометричним, люмінесцентним, електрохімічним і т. д.).
Серед різновидів біохімічних методів хімічного аналізу часто використовують ферментативні й імунохімічні.