Клеточные покровы обеспечивают устойчивость внутреннего содержимого клеток к внешним воздействиям и придают клеткам определенную форму. Покровы проницаемы для воды и растворенных в ней низкомолекулярных веществ и легк пропускают солнечный свет. Клеточные покровы водорослей отличаются большим морфологическим и химическим разнообразием. В их состав входят полисахариды, белки, гликопротеиды, минеральные соли, пигменты, липиды, вода. В отличие от высших растений, в оболочках водорослей отсутствует лигнин.
В основе строения клеточных покровов лежит плазмалемма, или цитоплазматическая мембрана. У многих жгутиковых и амебоидных представителей клетки снаружи покрыты лишь плазмалеммой, которая не способна обеспечить постоянную форму тела. Такие клетки могут образовывать псевдоподии. По морфологии выделяют несколько типов псевдоподий. Чаще всего у водорослей встречаются ризоподии, представляющие собой нитевидные длинные, тонкие, разветвленные, иногда анастомозирующие цитоплазматические выросты. Внутри ризоподий находятся микрофиламенты. Лобоподии – широкие закругленные выпячивания цитоплазмы. Они встречаются у водорослей с амебоидным и с монадным типами дифференциации таллома. Реже у водорослей встречаются филоподии – тонкие подвижные образования, напоминающие щупальца, которые способны втягиваться в клетку.
У многих динофлагеллат тело покрыто чешуйками, расположенными на поверхности клетки. Чешуйки могут быть одиночными или смыкаться в сплошной покров – теку. Они могут быть органическими или неорганическими. Органические чешуйки встречаются на поверхности зеленых, золотистых, криптофитовых водорослей. В состав неорганических чешуек может входить или карбонат кальция, или кремнезем. Чешуйки из карбоната кальция – кокколиты – встречаются преимущественно у морских примнезиофитовых водорослей.
Нередко клетки жгутиковых и амебоидных водорослей располагаются в домиках, которые имеют в основном органическое происхождение. Их стенки могут быть тонкими и прозрачными (род Динобрион) или более прочными и окрашенными за счет отложения в них солей железа и марганца (род Трахеломонас). В домиках имеется обычно одно отверстие для выхода жгутика, иногда может быть несколько отверстий. При размножении водорослей домик не разрушается, чаще всего одна из образовавшихся клеток покидает его и строит новый домик.
Клеточный покров евгленовых водорослей называется пелликулой. Пелликула являет собой совокупность цитоплазматической мембраны и расположенных под ней белковых полос, микротрубочек и цистерн эндоплазматической сети.
У динофитовых водорослей клеточные покровы представлены амфиесмой. Амфиесма состоит из плазмалеммы и расположенной под ней совокупности уплощенных везикул, под которыми лежит слой микротрубочек. В везикулах ряда динофитовых могут располагаться целлюлозные пластинки; такая амфиесма называется текой, или панцирем (роды Цератиум, Перидиниум).
У диатомовых водорослей поверх плазмалеммы формируется особый клеточный покров – панцирь, состоящий главным образом из аморфного кремнезема. Помимо кремнезема в состав панциря входит примесь органических соединений и некоторых металлов (железо, алюминий, магний).
В клеточных стенках зеленых, желтозеленых, красных и бурых водорослей основным структурным компонентом служит целлюлоза, которая образует каркас (структурную основу), погруженный в матрикс (полужидкую среду), состоящий из пектина, гемицеллюлозы, альгиновой кислоты и других органических веществ.