Диагностические бактериофаги используются в диагностике с целью индикации бактерий в объектах окружающей среды, идентификации микроорганизмов, выделенных от больного или из инфицированных объектов внешней среды. Также производят фаготипирование культур с целью определения источника и путей передачи инфекции при анализе эпидемиологической ситуации. Для фаготипирования используют типовые диагностические бактериофаги. Для получения диагностических бактериофагов используют умеренные фаги (получение препаратов бактериофагов см. в разделе «Лечебные бактериофаги»).