Применяют для дифференциации кислотоустойчивых и некислотоустойчивых микроорганизмов. Кислотоустойчивость бактерий обусловлена повышенным содержанием в клеточной стенке и цитоплазме липидов, воска и оксикислот. Принцип основан на том, что кислотоустойчивые бактерии за счет содержания указанных веществ прочно связывают карболовый фуксин при нагревании (т.е. окрашиваются в красный цвет) и не обесцвечиваются кислотой. Некислотоустойчивые бактерии обесцвечиваются серной кислотой и при использовании дополнительного красителя - метиленового синего – окрашиваются в синий свет.
Методика окраски по Цилю-Нильсену:
1. На фиксированный препарат – мазок нанести карболовый раствор фуксина через полоску фильтровальной бумаги и подогреть до появления паров в течение 3-5 мин.
2. Снять бумагу, промыть мазок водой.
3. Нанести 5 % раствор серной кислоты на 1-2 мин до обесцвечивания.
4. Промыть водой.
5. Докрасить мазок водным раствором метиленового синего в течение 3-5 мин.
6. Промыть водой, высушить, микроскопировать.