Системы переноса генов с помощью Agrobacterium tumefaciens эффективно работают только в случае некоторых видов растений. В частности, однодольные растения, включая основные зерновые культуры (рис, пшеницу и кукурузу), практически не трансформируются Agrobacterium tumefaciens. Тем не менее, модифицировав методики и тщательно контролируя условия, удалось трансформировать кукурузу и рис агробактериями Agrobacterium tumefaciens несущими векторы — производные Тi-плазмид.
Среди методов переноса генов можно назвать следующие: использование Тi-плазмид‚ бомбардировка микрочастицами‚ использование векторов на основе вирусов‚ микроиньекция‚ электропорация (увеличение проницаемости мембран под действием электрического тока)‚ слияние липосом и др. Некоторые методы требуют удаления клеточной стенки с образованием протопластов. Последние поддерживают в культуре как независимо растущие клетки или в специальной питательной среде, где они образуют клеточные стенки; из таких клеток может быть регенерировано целое растение. Кроме того, разработаны методы трансформации, позволяющие вводить клонированный ген в небольшое число клеток растительной ткани, из которой можно регенерировать целое растение, обходясь без регенерации из протопластов. В настоящее время для доставки ДНК в клетки растений предпочитают использовать либо векторы на основе Тi-плазмид, либо бомбардировку микрочастицами.