Согласно нейроэндокринной теории гомосексуализм предопределяется нарушениями процесса половой дифференциации мозга в пренатальном периоде. Нарушения половой дифференциации мозга обусловливают искажение чувствительности гипоталамуса к гормональным воздействиям. Их выраженность различна и объясняет полиморфизм последующих клинических проявлений.
В то же время патология пренатального периода влечет за собой и нарушения эндокринного обеспечения сексуальных функций.
Генетическая теория гомосексуализма. Высокая конкордантность по гомосексуализму близнецов может быть обусловлена как общим для них экзогенным фактором в критическом пренатальном периоде, так и генетически фиксированной предрасположенностью к нарушению дифференциации мозга.