Механизм реализации региональной политики государства, в том числе и финансирование региональных программ федерального уровня, в настоящее время осуществляется разными министерствами и ведомствами Российской Федерации. Их позиции относительно технологии финансирования федеральных программ развития регионов существенно различаются. Минфин России считает, что финансирование этих программ должно осуществляться за счет средств регионов, которые являются государственными заказчиками этих программ. В свою очередь, Минэкономики России предлагает порядок, предусматривающий двухканальную систему: федеральный бюджет и частичное финансирование за счет собственных средств региона.
Министерство экономики и Министерство финансов Российской Федерации рассматривают возможности финансирования разработок федеральных программ развития отдельных регионов России за счет средств федерального бюджета, руководствуясь старой технологией принятия решений.