Вещество поражает жизненно важные органы: печень, почки, легкие. Развивается диспепсический синдром вследствие ожога слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта, появляется диарея. Повреждение легочной ткани вызывает острый токсический альвеолит или токсический отек легких. Поражение легких при интоксикации паракватом протекает в две фазы. В первую – деструктивную (1 - 3 сутки) наблюдается гибель и десквамация альвеолоцитов I порядка, что становится причиной острого альвеолита, токсического отека легких. Во второй фазе – пролиферативной происходит замещение альвеолоцитов кубовидными клетками, постепенное разрастание фиброзной ткани.