Память с электрическим стиранием (EEPROM - Electrically EPROM) программируется пользователем и может многократно стираться. Стирание и повторное программирование EEPROM осуществляется по отдельным ячейкам (побайтно), что позволяет вносить в разработанные программы даже небольшие коррективы. Число циклов стирания и программирования, допускаемых EEPROM, обычно порядка 10000. Для реализации технологии необходимо относительно высокое напряжение программирования в пределах 10...20В, которое подается на кристалл извне или формируется на кристалле встроенным преобразователем напряжения (генератор накачки).
Контроллеры с EEPROM относительно дешевы (по сравнению с EPROM), но емкость такой памяти ограничена из-за сложности ячеек. Кристаллы с такой памятью программ применяются довольно редко, только в относительно простых системах на стадиях проектирования и серийного производства.