Аерозолі хлориду натрію здатні максимально глибоко проникати по дихальним шляхам і стимулювати рухову активність війок миготливого епітелію і змінювати його проникність до рівня бронхіол. Одночасно за рахунок відновлення нормальної осмолярності знижується продукція слизової бронхів її секрету, поліпшуються його реологічні властивості. Диссоціїруючи на поверхні бронхів, мікрокристали хлориду натрію змінюють концентраційний градієнт і тим самим посилюють пасивний транспорт в епітеліальних клітинах, покращують мукоциліарний кліренс. Те, що відбувається на цьому тлі відновлення внутрішньоклітинного рН стимулює репаративні процеси в бронхіолах. Іони натрію, що проникають по міжклітинних щілинах у підслизову оболонку дихальних шляхів, здатні деполяризовать мембрану розташованих там рецепторів і викликати зниження підвищеного тонусу бронхів.
Всі ці саногенетні процеси лежать в основі муколитического і протизапального ефектів галотерапії. На тлі її проведення у хворих зменшується задишка і кількість хрипів у легенях, поліпшуються показники газообміну і функції зовнішнього дихання, загальний стан.
Галотерапії також притаманна виражена імуносупресивна дія, що проявляється у зменшенні вмісту в крові циркулюючих імунних комплексів, імуноглобулінів класів А, Е і С, еозинофілів. Цей клінічний ефект галотерапії визначає її широке використання при захворюваннях з вираженою алергічною компонентою (бронхіальна астма, атонічний дерматит і ін).