Головним (провідним) органом у системі центральних органів виконавчої влади, який забезпечує реалізацію державної політики у галузі транспорту і дорожнього господарства, у сфері використання повітряного простору України та навігаційно-гідрографічного забезпечення мореплавства, є Міністерство транспорту та зв'язку України.
Міністерство транспорту та зв'язку України є центральним органом державної виконавчої влади, підвідомчим Кабінету Міністрів України і здійснює керівництво транспортно-дорожнім комплексом, відповідає за його розвиток, координує роботу об'єднань, підприємств, установ та організацій автомобільного, авіаційного, залізничного, морського і річкового транспорту і дорожнього господарства, що входять у сферу його управління.
Основними завданнями міністерства є: здійснення державного керування транспортним комплексом України; реалізація державної політики становлення і розвитку транспортно-дорожнього комплексу України для забезпечення своєчасного, повного і якісного задоволення потреб населення і суспільного виробництва в перевезеннях; забезпечення взаємодії і координації роботи автомобільного, авіаційного, залізничного, морського і річкового транспорту і дорожнього комплексу, здійснення заходів для створення єдиної транспортної системи України; створення рівних умов для розвитку господарської діяльності підприємств транспорту усіх форм власності; забезпечення входження транспортно-дорожнього комплексу України до європейської та світової транспортних систем на принципах Європейської транспортної політики.
Кожна з підгалузей єдиної транспортної системи України має свої органи управління, а також транспортні й інші організації, які входять до цієї підгалузі. Певне уявлення про них може дати система організацій залізничного транспорту.
Для забезпечення державних і суспільних інтересів, свободи підприємництва і формування ринку транспортних послуг, безпеки перевезень, захисту навколишнього природного середовища Кабінет Міністрів України визначає умови і порядок організації діяльності залізничного транспорту загального користування, сприяє його пріоритетному розвиткові, надає підтримку в задоволенні потреб залізниць у рухомому складі, матеріально-технічних і паливно-енергетичних ресурсах.
Крім Міністерства транспорту, яке здійснює державне управління транспортним комплексом, управління залізницями та іншими підприємствами залізничного транспорту, що належать до загальнодержавної власності, здійснює орган управління залізничним транспортом – Державна адміністрація залізничного транспорту України (Укрзалізниця), підпорядкований Міністерству транспорту України.
Виключно до компетенції Укрзалізниці, яка здійснює функції господарюючого суб'єкта належить управління процесом перевезень у внутрішньому і міжнародному сполученнях, а також регулювання виробничо-господарської діяльності у сфері організації і забезпечення цього процесу залізницями, підприємствами, установами та організаціями, які Укрзалізниця проводить централізовано.
Основною організаційною ланкою на залізничному транспорті є залізниця. Створення, реорганізація, ліквідація та визначення територіальних меж залізниць, призначення і звільнення їх керівників здійснюються рішеннями Кабінету Міністрів України за поданням Міністерства транспорту України. В Україні діють п'ять залізниць – Донецька, Львівська, Одеська, Південно-Західна, Придніпровська.
Повноваження, права та обов'язки залізниць визначаються Законом України "Про залізничний транспорт", їх статутами. Затвердження статутів залізниць здійснює Міністерство транспорту України за погодженням з Міністерством економиш України та Антимонопольним комітетом України.
Створення, реорганізація та ліквідація підприємств, установ та організацій, які входять до складу залізниць, затвердження їх статутів (положень), а також укладання контрактів (трудових договорів) з їх керівниками здійснюються у порядку, встановленому чинним законодавством України, а також статутами залізниць.